In Trilli e la nave pirata, quando Zarina, un’incompresa custode della polvere magica, ruba della polvere di fata blu dalla Radura Incantata e fugge via, Trilli e le sue amiche fate si precipitano a recuperarla. Tuttavia, durante la loro ricerca si imbattono nella stessa Zarina, divenuta una fata pirata alleata coi pirati dell'Isola del Teschio, finendo per ritrovarsi con i rispettivi talenti scambiati tra loro. Intraprendono quindi una corsa contro il tempo per recuperare la polvere di fata blu e tornare a casa per salvare la Radura Incantata.
Non esistono più le fatine innocenti d’un tempo. Oggi sono avventurose, impavide e persino ribelli. È questo il cambio di rotta sorprendente della nuova pellicola d’ani...