Deep - Un'avventura in fondo al mare ha inizio in un fondale dell'Oceano Atlantico dove il saggio nonno Kraken ha creato una sorta di zona cuscinetto nel quale la salvaguardia della flora e della fauna è garantita da una sorta di "separé" con l'esterno. Il nipotino Deep, un piccolo polpo, sogna però di uscire prima o poi da quel guscio nel quale è cresciuto e un giorno, in seguito ad un annuale evento celebrativo, decide di tentare la sorte in compagnia dei suoi inseparabili amici Evo (una rana pescatrice) e Alice (una gamberetta). Durante la sua breve scorribanda Deep avvia inavvertitamente un siluro abbandonato da tempo, la cui esplosione intrappola gli abitanti della propria casa natale mettendoli in una situazione di estremo pericolo. L'unica soluzione per evitare a questi morte certa è quella di rintracciare la balena bianca Nathan, storico sodale del Kraken nonché il solo in grado di poter spostare la gigantesca roccia che blocca il passaggio. Deep, Evo e Alice si mettono così in viaggio incontrando sulla loro strada sia nuovi amici che agguerrite insidie.