Il tenente dell'esercito americano Chris è a capo di una squadra di Navy Seals composta dall'amato fratello Mike, dall'afroamericano Josey e dal timido Thorpe. In una missione di qualche mese prima, relativa al recupero di un politico americano caduto nelle mani di terroristi islamici, non tutto è andato come previsto e l'ostaggio è rimasto ucciso nel conflitto a fuoco: da allora Mike non si è mai ripreso e ha abbandonato il corpo per lavorare in un poligono di provincia. Quando però Chris riceve una chiamata dai piani alti, con l'ordine tassativo di reclutare tutti i membri del team, Mike decide di affrontare i propri demoni e partecipare alla missione insieme ai suoi commilitoni. In Alien Warfare il compito dei soldati è quello di recarsi in una struttura di massima sicurezza situata nella foresta di Valtovia, nel Caucaso, per indagare sulla misteriosa scomparsa di oltre cento scienziati che lavoravano all'interno della base. Al loro arrivo i Navy Seals si imbattono in una bella ricercatrice incredibilmente scampata alla sparizione di massa e scoprono un antico artefatto di origine extraterrestre che parrebbe collegato a quando successo. Ma ben presto inaspettati visitatori arrivano a complicare l'incarico...