Agnus Dei è ambientato nel dicembre 1945. Mathilde, giovane francese appartenente alla Croce Rossa, viene inviata in Polonia per prestare servizio nell'ospedale locale e curare i connazionali feriti nelle ultime fasi della seconda guerra mondiale. Una mattina una suora nativa del luogo giunge al ricovero chiedendo aiuto per una sorella in fin di vita, trovando soltanto l'aiuto di Mathilde che, giunta al convento, scopre che molte delle religiose sono rimaste incinte in seguito alle violenze sessuali perpetrare da soldati russi. Nascondendo il fatto ai suoi superiori la ragazza decide di recarsi pressoché quotidianamente, al termine del suo turno di lavoro, all'interno del convento per prestare soccorso e aiuto medico alle monache, stringendo un solido rapporto con Suor Maria.